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最早认识到管理操作环境必要性的是医学界。19世纪末期，显微镜技术有了新突破，细菌学家们相继发现了各种种类的细菌，德国的科赫（R.Koch）发现了炭疽菌（1876年）、结核菌（1882年）和霍乱菌（ 1883年）。后来，其他一些细菌研究人员发现了白猴菌、肺炎菌。
这些病菌的发现和培养的成功，使人们开始认识到，只要有传染病病人，那么在他们的周围就有许多带菌者。医院无疑是个重要的传染场所，因而对病人逐步开始实行隔离治疗。人们对手术室的消毒很重视，经常通过彻底的消毒来防止病菌扩散及手术部位感染。
如果说手术室各项技术的发展是第一次世界大战的副产品，那么洁净室的问世和发展则是第二次世界大战留下的遗产。洁净室设施中最关键的超高效过滤器，就是在第二次世界大战期间为了去除原子弹制造过程中释放出的放射性微粒而研制的。
飞机、导航仪表、轰炸瞄准器及雷达等设备是由很多高精度微型零部件组成的。实践使人们逐步认识到，这样精密的零部件如果放在机械厂等充满灰尘的环境里加工处理和组装，一定会影响设备的耐久性和可靠性。
在1950年的朝鲜战争中，据说美国耗用了16万台电子设备，其中需要更换的零部件高达一百多万件。特别是雷达设备的失效率达70%〜80%,维修费用多达设备本身费用的10 倍以上。然而.在微粒得到严格控制的洁净室内组装的设备，其失效率却大幅度地下降到 5%〜8%。
宇航研究部门为了保证各种设备的高可靠性和耐久性,迫切需要控制污染，去除污染物质，促使这些部门的污染控制技术日趋成熟。
1940年美国创建了第一座洁净室，当时人们称它为洁白的工作室。当时的洁净室比较粗糙，根本无法与今天的洁净室相比。
人们对于洁净室的认识，是随着电子显微镜性能的不断提高、微粒测定技术的发展以及其他各项科研成果的积累逐步加深的。例如人们发现，微生物中立克次氏体类杆菌和球菌的大小只有（0.3〜0.5） X （0.3〜2.0） pimo机械设备只是从减少磨损考虑，油膜厚度为 0. 05Mm左右即可，而实际上的流体润滑厚0.5〜2/m。为了满足仪表用精密轴承类零件对转矩特性、噪声和振动的要求，滚珠的正圆度必须达到0. 以下，滚珠滑动导槽的正圆度也要求在0. 3Mm以下。又如航空胶卷，在胶片的制造、显影和放大过程中，只要微粒黏附在上面就会留下较大的空白点。
微小物质种类繁多，到处存在，如传染疾病的微生物随风飘荡或者沉降、黏附在一些关键部位的表面上，成为腐蚀性物质。还有微粒覆盖在机件上造成磨损。微粒的存在成为有害的多余物质，洁净室就是根据不同的目的处理微小物质的设施。医院手术室中进行手术的几个区域和洁净室有共同之处，但也有一些根本区别。处理宇航设备的洁净室对洁净度的要求，有时比最现代化的手术室还要高。洁净室的关键是对尘埃和微粒进行控制，而手术室则主要是严格消毒，微粒不是主要问题。对微生物来说，洁净室内几乎不存在能使其繁殖的物质，室内湿度--般较低-不会助长微生物的繁殖和栖息。

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